Филиппины – горная страна. Горные цепи и плато занимают почти ¾ ее территории. Горные хребты крупнейших островов – Лусона, Самара, Лейте и Минданао – преимущественно складчато-сбросовые и, как и сами острова, вытянуты в меридиональном направлении. Они являются продолжением горных цепей, идущих параллельно восточному краю Зондской платформы. Горные системы Палавана и архипелага Сулу состоят из горстов и грабенов, простирающихся, как и эти острова, с юго-запада на северо-восток. Они служат продолжением древних структур Калимантана.

Из-за расчлененности суши и преобладания гор равнины невелики – это в основном узкие прибрежные низменности, ширина которых не превышает 10 – 15 км, и межгорные долины. Почти все прибрежные равнины разместились на западе архипелага, где побережье имеет множество закрытых заливов. Поэтому, крупнейшие порты страны расположены именно здесь.

Межгорные долины обычно вытянуты вдоль среднего и нижнего течения рек; самые крупные из них – Центральная (ее называют также Манильской или Средне-Лусонской) и Кагаянская на Лусоне, Котабато на Минданао и Центральная равнина на Панае. Прибрежные низменности и межгорные долины наиболее удобны для освоения, на них сосредоточена основная хозяйственная жизнь страны.

Разрушительные и созидательные силы природы в виде вулканических извержений и землетрясений продолжают менять облик островов. Архипелаг относится к вытянувшимся вдоль восточного края Евразийского материка, от Алеутских островов до Индонезии, островным дугам, где до сих пор продолжается активная вулканическая и сейсмическая деятельность. Вулканический пояс на Филиппинском архипелаге тянется от Южного Лусона через остров Самар до центральной части Минданао. Среди действующих вулканов наиболее известны Тааль, Майон, Булусан и Ирига в Южном Лусоне, камигин-дель-Сур на острове Камигин, Канлаон на острове Негрос и Макатуринг на Минданао. На Филиппинах довольно много рек, но в большинстве своем они небольшой длины – всего несколько десятков километров. Однако среди них имеются и более значительные. Прежде всего – это самая длинная река Филиппин – Минданао, полное название которой Рио-Гранде-де-Минданао. Длини ее – 550 км. На Минданао также находится и другая крупная река архипелага – Агусан (300 км). Остров Лусон орошают воды рек Кагаян, Агно и Пампанги. Узкие и бурные в верховьях, реки по выходе из горных теснин на равнину расширяются, и течение их замедляется. У многих рек устья заболочены и покрыты мангровыми зарослями. У Пампанги и Минданао дельты образуются из нескольких рукавов и протоков.

                               

Озер в стране немного, и они невелики. На Лусоне неподалеку от оз. Тааль находится оз. Бай, бывшее ранее частью Манильской бухты; из него вытекает р. Пасиг, в устье которой расположена Манила. Это самое большое озеро в стране и одно из крупнейших в регионе. На Минданао находится два крупных глубоководных озера тектонического происхождения – Ланао и Булуан.

Богата и разнообразна флора Филиппин. Из 10 тыс. видов растений не менее половины эндемичны. Особенно много эндемиков среди растительности девственных лесов (около 84 % всего видового состава).

Животный мир Филиппин, как и растительный отличается большим числом эндемиков, что дало ученым право выделить особую Филиппинскую подобласть в Индо-Малайской зоогеографической области. На островах нет крупных животных, обитающих в Южной Азии и в соседней Индонезии: тигров, слонов, человекообразных обезьян. На Филиппинах вообще сравнительно мало представителей млекопитающих. Из обезьян здесь водятся макаки (5 видов), шумные стаи которых нередко совершают опустошительные набеги на поля и огороды крестьян. Оригинальным представителем животного мира архипелага является относящийся к млекопитающим ящер панголин, тело и хвост которого (длиной вместе более 1 м) покрыты сверху крупными роговыми чешуями. Он живет в глубоких подземных норах и питается муравьями.

Исключительно богат и разнообразен мир пернатых. Здесь насчитывается около 450 видов птиц, из них 325 видов постоянно живут и гнездятся на архипелаге. В лесах острова Минданао водится редкая птица гарпия-обезьяноед – огромный орел ростом до 1 м, с крыльями по 60 см каждое. Этот хищник питается преимущественно макаками. На Филиппинах встречается значительное количество птиц, типичных для Австралии. Например, здесь обитают представители австралийского семейства большеногих, или сорных, кур; очень много попугаев какаду.

Для Филиппин, как и для других стран с теплым и влажным климатом, огромными лесными массивами и многочисленными водными бассейнами, характерно обилие пресмыкающихся: крокодилы, змеи, черепахи, ящерицы.

На Филиппинах много цикад. Они наносят большой вред сельскому хозяйству; налетая, как черная туча, цикады за короткое время уничтожают урожай.

                             

В морях у Филиппинского архипелага водится свыше 2 тыс. видов рыб. Мелководье у рифов, окружающих архипелаг Сулу, изобилует жемчужницами – здесь центр добычи жемчуга.